هناك اكثر من رأي في سبب تسمية تبوك بهذا الاسم ، ولكن من الثابت أنها كانت معروفة من قبل بعثة الرسول صلى الله عليه وسلم حيث قال لأصحابه وهم في طريقهم إلى غزوها بقيادته : ( ستأتون غداً إن شاء الله عين تبوك وإنكم لن تأتوها حتى يضحي النهار فمن جاءها منكم فلا يمس ماءها شيئاً حتى آت ) .
ويقال أن أصل التسمية هو كلمة ( TABU ) أو ( TABOO ) وهي كلمة لاتينية تعني المكان المنعزل نظراً لأن تبوك كانت منعزلة عن شبه الجزيرة العربية جنوباً وعن بلاد الشام شمالاً .
وقد اشتهرت في المصادر بغزوة تبوك وبعينها التي فجرها الرسول صلى الله عليه وسلم عندما عسكر بها .
ومسجدها الذي ينسب إلى الرسول الكريم صلى الله عليه وسلم ويسمى مسجد التوبة وهو من المساجد التي بناها عمر بن عبدالعزيز في العصر الأموي بالحجارة المنقوشة . وفي العهد الإسلامي بدأ يظهر ذكر تبوك ضمن الحديث عن غزوة تبوك او غزوة العسرة التي قادها المصطفى صلى الله عليه وسلم لمحاربة الرومان .
بعد هذه الغزوة أصبحت تبوك من أهم مناطق الدولة الإسلامية وبقيت ثغراً مهماً للجزيرة من جهة بلاد الشام .